Prvně je třeba jednoznačně odlišit mezi nesnášenlivostí lepku (intolerancí glutenu) a alergickou reakcí na alergeny přítomné v pšeničné mouce a výrobcích z ní. U nesnášenlivosti lepku, která je příčinou celiakie, mají symptomy pomalejší nástup a jsou spíše zažívacího charakteru (průjem, nadýmání, únava, neprospívání, poruchy růstu atd.). Alergie na alergeny pšenice má rychlý nástup v řádu minut od požití a vykazuje typické alergické reakce (kopřivka, svědění, rýma, průjem, nadýmání, anafylaxe atd.). Diagnostika nesnášenlivosti lepku je v porovnání s diagnostikou alergie na alergeny pšenice jednodušší. V každém případě je vhodné potraviny, které lepek obsahují, zavést do jídelníčku dítěte mezi ukončeným 4. měsícem, a ne později než 6. měsíc věku (kdy přesně, to určuje pediatr). Je to totiž období, kdy děťátko na podněty v potravě reaguje nejlépe. Na sliznici střeva se otvírá tzv. „tolerizační okno“.
Diagnózu musí vždy stanovit lékař. U alergie alergolog, u celiakie gastroenterolog.